Mindre iøjnefaldende, men nok så usædvanlig er døbefonten, af smedejern, bemalet og forgyldt. Den er skænket 1646 af smedemester Hans Ulriksen Svitzer selv. Fonten står på fire menneskefødder. På skålen ses fire forgyldte Christian 4. monogrammer mellem gallionsfigurlignende mands- og kvindehoveder, såkaldte hermer.
Det originale dåbsfad af sølv fra 1646 blev omstøbt i 1757 for at passe til en ny font. Denne var af hvidt marmor udført af C.F.Stanley, da man flyttede dåbskapellet til Urtegårdsgangens syd-vesthjørne. Ved restaureringen i 1872 forærede en kreds fra menigheden kirken en ny font af sort marmor og sandsten; Stanleys font kom til Hvidovre kirke, hvorfra den i 1921 vendte tilbage til byen for at stå i Nikolaj. Den står nu atter i Holmens Kirke i dåbskapellet i Urtegårdsgangen.
Maleriet over fonten A. Dorphs "Kristus velsigner de små børn" stammer fra en indsamling i menigheden i anledning af Provst Warburgs 25 års jubilæum, og blev ophængt 1877. Smedejernsfonten blev stående i kirken til 1853, da man afleverede den til Oldsagskommisionen (Nationalmuseet), men i 1921 lykkedes det provst Fenger at få den tilbage til kirken, hvor den nu står i korsskæringen.