Det var skik og brug blandt de velstillede at købe sig plads til begravelse inde i kirken - enten man nu som mange adelige lod bygge et kapel til sig og sine, opstillede en sarkophag eller indrettede et hjørne til sit private gravkapel, eller som de fleste måtte tage til takke med, en plads i kirkegulvet. Den første, der blev begravet i Holmens Kirke var kirkens første sognepræst Niels Mikkelsen Aalborg, der døde 1645 og blev begravet neden for alteret. I alt skønnes det at der har været o. 200 grave under kirkegulvet, nogle murede, men de fleste muldbegravelser. (Ved istand- sættelsen i 1834 blev alle jord- begravelser sløjfet.) Under kapellet er som nævnt 34 murede gravkrypter.
Ville man sikre sig et eftermæle kunne man så yderligere lade en mindetavle, epitafium, opsætte på kirkevæggen. Barokkens epitafier fra 1600-tallet er særlig talrigt repræsenteret i Holmens kirke. Det er store rigt udsmykkede tavler med familieportrætter omgivet af kunstfærdigt udskårne rammer, som findes ophængt rundt i koret og nede i kirken. I kapellet finder vi 1700 og 1800-tallets strengere mere klassiske linier. Her ligger også de to berømteste mænd, som er begravet i Holmens Kirke, søheltene Niels Juel og Tordenskiold.
N. W. Gade, der var organist ved Holmens Kirke i 32 år, finder vi også i kapellet samt arkitekterne C. F. Hansen og G. F. Hetch, der var beslægtet ved giftermål og derfor deler det samme gravmæle. C. F. Hansen byggede bl.a. Vor Frue Kirke og Christiansborg Slot ( det forrige ), der kunne ses fra epitafiets plads ved vinduet i kapellet og svigersønnen Hetch var mester for Synagogen i Krystalgade og Sankt Ansgar i Bredgade.
Snart 400 år har søværnets kirke ligget ved kanalen overfor rigets slot, og hvert af de fire århundreder har fået lov at sætte sit præg på huset. Mest iøjnefaldende af det 20. århundredes tilføjelser er de to Richard Mortensen malerier der pryder Kaptajnsgangens nordvæg - nærmest chokerende i deres farvestrålende geometriske kontrast til de svungne former i Abel Schrøders snitværker.
Seneste tilføjelser er de to gobeliner, der flankerer indgangen under orglet. De er vævet af Naia Salto i 1994 til erstatning for to gamle, der blev stjålet, og forestiller Skabelsen og Det ny Jerusalem.