Jørgen Ernst Hansen (f. 1929) var organist og kantor ved Holmens Kirke fra 1970 til 1997. I dag fungerer han som organist ved Immanuelskirken (Københavns Valgmenighed).
Jørgen Ernst Hansen bestod organisteksamen i 1950 som elev af Søren Sørensen. Videregående studier i orgel hos Finn Viderø, Anton Heiller og Michael Radulescu.
Jørgen Ernst Hansen har studeret musik ved Københavns Universitet - og gennemgået Det kgl. Danske Musikkonservatoriums to årige kursus i orkesterledelse som elev af Svend Chr. Felumb og Arne Hammelboe. Leder af kammerorkestret og kammermusikensemblet Societas Musica. Har optrådt ved koncerter samt i radio- og TV-udsendelser i det meste af Europa, især i Frankrig, hvor en stor del af hans ret omfattende antal grammofonindspilninger er udkommet.
Jørgen Ernst Hansen modtog i 1962 De københavnske Musikanmelderes Pris. Bestyrelsesmedlem i Dansk Organist- og Kantor- Samfund 1972-1993. Fra 1975 til 1995 lærer i orgelspil på musikkonservatoriet i København og fra 1982 til 1990 censor ved PO-prøver på konservatorier og kirkemusikskoler.
Jørgen Ernst Hansen har været medlem af den af Kirkeministeren i 1993 nedsatte salmebogskommission.