Siden Christian IV i 1619 ombyggede Frederik II’s gamle ankersmedje til kirke, har Holmens Kirke fungeret både som almindelig sognekirke og som kirke for Søværnet. Det sidste er ydermere symboliseret ved, at Holmens Kirke som den eneste kirke i Danmark ligger direkte ud til vand.

Som kirke i hjertet af København danner Holmens Kirke ramme om såvel gudstjenester som kirkelige handlinger og andre aktiviteter, koncerter, begivenheder i Kongehuset og markeringen af forskellige nationale mærkedage.